A Toyota impressionou durante o segundo treino livre para as 6 Horas de Fuji. A equipe japonesa terminou a sessão com tempo seco em primeiro e segundo lugares, com o melhor carro (com Brendon Hartley, Sebastien Buemi e Ryo Hirakawa ao volante) sendo mais de um segundo mais rápido que o primeiro não-Toyota. O Porsche da equipe Jota ficou em terceiro, com a Ferrari dirigida por Antonio Giovinazzi, entre outros, em quarto, logo atrás.
A primeira sessão de treinos da sexta corrida do Campeonato Mundial de Endurance estava molhada no início do dia, mas durante os treinos a pista secou. Nas condições cada vez melhores, a Ferrari foi a mais rápida. Antonio Fuoco registrou o tempo de 1.35.649. A segunda Ferrari foi 2,6 segundos mais lenta pela manhã, mas ainda assim terminou em segundo lugar. Em terceiro lugar ficou a primeira Peugeot.
Na classe LMP2, a líder do campeonato Team WRT (Andrade, Delétraz, Kubica) foi a mais rápida, à frente de Pietro Fittipaldi no JOTA. O número 23 da United Autosport fez o terceiro tempo, enquanto Robin Frijns foi o quarto com o segundo carro da Team WRT. Na classe GT, três Ferraris lideraram a corrida.